Team:Bielefeld-CeBiTec/Notebook/Journal/CO2-fixation/Aug

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                   <li><u><b>Promotors</b></u></li>
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                   <li><b>Promotors T7, p<sub>Tac</sub> and p<sub>Tet</sub></b></li>
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                   <ul> <!-- Promotors -->
                     <li>We tried to assmeble some inserts with three different promotors to test which one is the best  choice.</li>
                     <li>We tried to assmeble some inserts with three different promotors to test which one is the best  choice.</li>
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                         <li>Inserts (digested with XbaI, PstI)
                         <li>Inserts (digested with XbaI, PstI)
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                        <li>Only the assembly with the p<sub>Tac</sub> promotor was successful.</li>
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                      <li>Colony PCR and plasmid isolation of p<sub>Tac</sub>_prkA, p<sub>Tac</sub>_Hneap,
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                      p<sub>Tac</sub>_SELAN and p<sub>Tac</sub>_sRNA_pfkA</li>
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                      <li>Colony PCR of T7 promotor</li>
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                        <li>Showed in all cases an band 400 bp over the expected value. We tried to extract and 
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                        tranform the promotor from another distribution plate (2013)</li>
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                      <li>Colony PCR of T7 promotor from the 2013 distribution plate</li>
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                        <li>Bands as expected (~300 bp)</li>
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                      <li>Only the assembly with the p<sub>Tac</sub> promotor was successful.</li>
 
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                     <li>We tried to [...]</li>
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                       <li>Restriction digestion with SpeI and XbaI</li>
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                         <li>Bands as expected()</li>
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                       </ul>
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                       <li>BioBrick Assembly (Suffix)</li>
                       <li>BioBrick Assembly (Suffix)</li>
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                         <li>Insert (digested with XbaI, PstI)
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                        <li>Bands as expected ()</li>
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                     <li>We tried to [...]</li>
                     <li>We tried to [...]</li>
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                   <li><b><i>prkA</i></b></li>
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                   <ul> <!-- prkA -->
                     <li>We tried to [...]</li>
                     <li>We tried to [...]</li>
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                       </ul>
                       </ul>
                       <li>Gibson Assembly with pHnCBcsoS1D</li>
                       <li>Gibson Assembly with pHnCBcsoS1D</li>
-
                      <li>Plasmid isolation of p<sub>Tac</sub>_prkA</li>
 
                     </ul>
                     </ul>
                   </ul> <!-- /prkA -->
                   </ul> <!-- /prkA -->
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                  <li><b>RuBisCO</b></li>
 +
                  <ul> <!-- RuBisCO -->
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                    <li>We tried to...</li>
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                      <li>BioBrick Assembly (Suffix)</li>
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                        <ul>
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                          <li>Backbone (digested with SpeI, PstI)</li>
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                          <ul>
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                            <li>p<sub>Tac</sub>_prkA </li>
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                          </ul>
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                          <li>Inserts (digested with XbaI, PstI)
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                          <ul>
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                            <li><i>Hneap</i></li>
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                            <li><i>SELAN</i></li>
 +
                          </ul>
 +
                          <li>We assembled p<sub>Tac</sub>_prkA with <i>Hneap</i> respectively <i>SELAN</i></li>
 +
                        </ul>
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                      <li>Colony PCR</li>
 +
                      <ul>
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                        <li>p<sub>Tac</sub>_prkA_Hneap</li>
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                        <ul>
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                          <li>Bands es expected ()</li>
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                        </ul>
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                        <li>p<sub>Tac</sub>_prkA_SELAN</li>
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                          <li>Bands as expected ()</li>
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                      </ul>
 +
                      <li>Plasmid isolation of p<sub>Tac</sub>_prkA_Hneap and p<sub>Tac</sub>_prkA_SELAN</li>
 +
                    </ul>
 +
                  </ul> <!-- /RuBisCO -->
 +
                  <li><b>Sequencing</b></li>
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                  <ul> <!-- Sequencing -->
 +
                    <li><i>csoS1D</i></li>
 +
                      <li>Successful. We got the right sequence with 100%. The first part of the carboxysome is
 +
                      complete.</li>
 +
                    <li><i>can</i></li>
 +
                      <li>Five mutations. Another sequencing will follow.</li>
 +
                    <li><i>glpX</i></li>
 +
                      <li>Not successful. We got the CFP sequence instead of the <i>glpX</i> sequence, so we will try another backbone (pSB1C3_RFP).</li>
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                  </ul> <!-- /Sequencing -->
                    
                    
                 </ul> <!-- gesamte Liste -->
                 </ul> <!-- gesamte Liste -->

Revision as of 14:29, 26 August 2014


August

Week 1     08/04 - 08/10
Week 1     08/04 - 08/10
  • Promotors T7, pTac and pTet
    • We tried to assmeble some inserts with three different promotors to test which one is the best choice.
      • BioBrick Assembly (Suffix)
        • Backbones (digested with SpeI, PstI)
          • T7
          • pTac
          • pTet
        • Inserts (digested with XbaI, PstI)
          • prkA
          • Hneap
          • SELAN
          • sRNA:pfkA
        • Only the assembly with the pTac promotor was successful.
      • Colony PCR and plasmid isolation of pTac_prkA, pTac_Hneap, pTac_SELAN and pTac_sRNA_pfkA
      • Colony PCR of T7 promotor
        • Showed in all cases an band 400 bp over the expected value. We tried to extract and tranform the promotor from another distribution plate (2013)
      • Colony PCR of T7 promotor from the 2013 distribution plate
        • Bands as expected (~300 bp)
  • csoS1-4
    • We tried to [...]
      • Colony PCR (VF-Primer, VR-Primer)
      • Gibson Assembly
      • Plasmid isolation
      • Restriction digestion with SpeI and XbaI
        • Bands as expected ()
      • BioBrick Assembly (Suffix)
        • Backbone (digested with SpeI, PstI)
          • pSB1C3_can
        • Insert (digested with XbaI, PstI)
          • csoS1-4
      • Colony PCR of can_csoS1-4
        • Bands as expected ()
  • glpX
    • We tried to [...]
      • Gibson Assembly after DpnI digestion
      • Colony PCR
  • prkA
    • We tried to [...]
      • PCR amplification and purification for insertion in pHnCBcsoS1D
        • Bands as expected ()
      • Gibson Assembly with pHnCBcsoS1D
  • RuBisCO
    • We tried to...
      • BioBrick Assembly (Suffix)
        • Backbone (digested with SpeI, PstI)
          • pTac_prkA
        • Inserts (digested with XbaI, PstI)
          • Hneap
          • SELAN
        • We assembled pTac_prkA with Hneap respectively SELAN
      • Colony PCR
        • pTac_prkA_Hneap
          • Bands es expected ()
        • pTac_prkA_SELAN
          • Bands as expected ()
      • Plasmid isolation of pTac_prkA_Hneap and pTac_prkA_SELAN
  • Sequencing
    • csoS1D
    • Successful. We got the right sequence with 100%. The first part of the carboxysome is complete.
    • can
    • Five mutations. Another sequencing will follow.
    • glpX
    • Not successful. We got the CFP sequence instead of the glpX sequence, so we will try another backbone (pSB1C3_RFP).

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