Team:Heidelberg/js/notebook/protocols

From 2014.igem.org

var protocols = {

   "3cuNZHSvzbmc5wGLz" : {
       "name" : "Make a liquid culture without any plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "nQbZRzR4ZeKkYMr8X",
                   "name" : "Bacteria without any plasmid",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Bacteria",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                   "name" : "Medium",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Medium",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "8p9DTRXiSoymBbC3T",
                       "name" : "Bacterial culture without any plasmid",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "nQbZRzR4ZeKkYMr8X",
                       "name" : "Bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Culture",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "8p9DTRXiSoymBbC3T",
                       "name" : "Bacterial culture without any plasmid",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Inoculate medium",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (ml)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Grow at the preferred temperature of the organism.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (h)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "3wt4jvadcLzkvFn9X" : {
       "name" : "Make a liquid culture carrying three plasmids",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                   "name" : "Medium",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Medium",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "oeN5Sukt5toY6taDR",
                       "name" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Culture",
               "propertyBindings" : {
                   "TnHge69a2HdoogyYG" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2b3de1e4d39cf71091ae27f0bbf41cb6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f941ce021dd20e581e58121991cbb4dd" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 3 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 3 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "oeN5Sukt5toY6taDR",
                       "name" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Inoculate medium",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (ml)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Grow at the preferred temperature of the organism.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (h)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "4jCgLAziJ2DSmmcvR" : {
       "name" : "Streak bacteria without any plasmid onto an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "nQbZRzR4ZeKkYMr8X",
                   "name" : "Bacteria without any plasmid",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Bacteria without any plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "s8gikcCG8ZHcj2xPf",
                       "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                       "v" : 1
                   }
               ],
               "name" : "Bacteria",
               "propertyBindings" : {
                   "s8gikcCG8ZHcj2xPf" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "s8gikcCG8ZHcj2xPf",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "s8gikcCG8ZHcj2xPf",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "s8gikcCG8ZHcj2xPf",
                       "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Streak the bacteria onto the agar plate",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "53yEPDJz7oRihLz3M" : {
       "name" : "Dilute non-plasmid dsDNA",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "dsDNA",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "DNA",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "dsDNA",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Dilute the DNA.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Diluent (H2O, EB, ...)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "New tube identifier",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "New concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "5K8vL8t4egnG8SRtc" : {
       "name" : "PCA",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "DNA fragment",
               "multi" : true
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "xDrcNcGzZ3JnfqCMo",
                   "name" : "Primer",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Primer",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Assembled DNA",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 4,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 4,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }, 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Assembled DNA before amplification",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 4,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 4,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "For a 20 µl reaction, mix equimolar amounts of the DNA fragments (10 ng to 15 ng in total) and add water to a volume of 10 µl.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of the DNA fragments (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : "DNA fragment"
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of water (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the product",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 10 µl 2X Phusion Flash Master Mix.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Place the reaction in a thermocycler and run the following program: Initial denaturation at 98 °C for 10 s; 10 cycles of 1 s denaturation at 98 °C, 5 s annealing at 55 °C, extension at 72 °C for 15 to 30 s/kb of the product; final extension at 72 °C for 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Extension time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 5 µl of the reaction to 25 µl Phusion Flash Master mix. Add primers to a final concentration of 0.5 µM and water to a final volume of 50 µl.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of the primers (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : "Primer"
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of water (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Place the reaction in a thermocycler and run the following program: Initial denaturation at 98 °C for 10 s; 20 to 30 cycles of 1 s denaturation at 98 °C, 5 s annealing, extension at 72 °C for 15 to 30 s/kb of the product; final extension at 72 °C for 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Annealing temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Extension time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Concentration (ng/µl; leave this blank)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Tube identifier (optional)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "9S64Hy4vyzPvM4aiC" : {
       "name" : "DNA purification (Qiagen PCR Purification Kit)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "dsDNA",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "DNA",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "dsDNA",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Follow the Qiagen protocol.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Identifier of the new purified DNA tube",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Measure the concentration with a NanoDrop.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Measured concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "9TiKPrpdykEiSHFcy" : {
       "name" : "Make a liquid culture carrying a plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                   "v" : 2
               },
               "name" : "Bacteria",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                   "name" : "Medium",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Medium",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "EZz9pqmLYbZXhdQuZ",
                       "name" : "Bacterial culture carrying a plasmid",
                       "v" : 3
                   }, 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Culture",
               "propertyBindings" : {
                   "PpBkfrLAqTw2CwNZX" : {
                       "0ac71517d2d368cdbabf8b9914716902" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "10990dcf66373fff11ef907bc2b1ef97" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "EZz9pqmLYbZXhdQuZ",
                       "name" : "Bacterial culture carrying a plasmid",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Inoculate medium",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (ml)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Antibiotic(s)",
                       "type" : "text",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Grow at the preferred temperature of the organism.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "float",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (h)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "ATv6a4HMeQZMa9WYX" : {
       "name" : "Dilute plasmid DNA",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }, 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Plasmid DNA",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Dilute the plasmid DNA.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Diluent (H2O, EB, ...)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "New tube identifier",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "New concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "Ae7BXywPx8nNApvPK" : {
       "name" : "Golden Gate Assembly (isothermal)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "DNA fragment",
               "multi" : true
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "SbkCFMHjvszXAwJNf",
                   "name" : "Restriction enzyme (NEB)",
                   "v" : 2
               },
               "name" : "Restriction enzyme (NEB)",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "name" : "Assembled plasmid",
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ],
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }, 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "sourceType" : "input",
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 3
                           }
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "sourceType" : "input",
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           }
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "sourceType" : "input",
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 4
                           }
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "sourceType" : "input",
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 5
                           }
                       }
                   }
               }
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix 100 ng of the backbone and equimolar amounts of the insert(s) in water for a total volume of 15 µl.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of the DNA fragments",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : "DNA fragment"
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of water (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the resulting plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Resistance(s) of the resulting plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Tube identifier (optional)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Total concentration (ng/µl; optional)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 1.5 µl of 10X T4 Ligase Buffer and, when using BsaI or another restriction enzyme that requires it, BSA (Bovine Serum Albumin) at a final concentration of 1X.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "BSA stock concentration (X)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of BSA (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 1 µl of each restriction enzyme and 1 µl of T4 DNA Ligase (2,000,000 cohesive end ligation units/ml).",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate at 37 °C for 1 h, then heat inactivate at 50 °C and 80 °C for 5 min each.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "CdKqzhX6FqmmHYKdE" : {
       "name" : "Maxens neues Protokoll",
       "params" : [],
       "products" : [],
       "steps" : []
   },
   "D9hHrT2Ere5rrcuXK" : {
       "name" : "Make competent cells already carrying a plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "EZz9pqmLYbZXhdQuZ",
                   "name" : "Bacterial culture carrying a plasmid",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "Bacterial culture",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "ynpgBQKNqRETb9wZF",
                       "name" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                       "v" : 3
                   }, 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Competent cells",
               "propertyBindings" : {
                   "PpBkfrLAqTw2CwNZX" : {
                       "0ac71517d2d368cdbabf8b9914716902" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "10990dcf66373fff11ef907bc2b1ef97" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "ynpgBQKNqRETb9wZF",
                       "name" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Follow the protocol outlined in RFC 99.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "E8wraGbztRq8EsET7" : {
       "name" : "Make a glycerol stock of bacteria carrying a plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "EZz9pqmLYbZXhdQuZ",
                   "name" : "Bacterial culture carrying a plasmid",
                   "v" : 2
               },
               "name" : "Culture",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "aGtyYHkAAF7Qcrhic",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }
               ],
               "name" : "Glycerol stock",
               "propertyBindings" : {
                   "PpBkfrLAqTw2CwNZX" : {
                       "0ac71517d2d368cdbabf8b9914716902" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "10990dcf66373fff11ef907bc2b1ef97" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "aGtyYHkAAF7Qcrhic",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix an aliquot of a LB culture with the same volume of storage buffer",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Freeze at -80 °C",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "ENCvtL4jWZQW72hE5" : {
       "name" : "Restriction digest (NEB)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "dsDNA",
               "multi" : true
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "SbkCFMHjvszXAwJNf",
                   "name" : "Restriction enzyme (NEB)",
                   "v" : 2
               },
               "name" : "Restriction enzyme (NEB)",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "name" : "DNA",
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "sourceType" : "input",
                           "source" : {
                               "step" : 3,
                               "input" : 2
                           }
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "sourceType" : "ask",
                           "source" : null
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "sourceType" : "ask",
                           "source" : null
                       }
                   }
               }
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix purified DNA with water",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of water (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of DNA (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : "dsDNA"
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add buffer",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Which buffer?",
                       "type" : "text",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "float",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add restriction enzyme(s)",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : "Restriction enzyme (NEB)"
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "float",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the resulting DNA fragment(s)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Optional heat inactivation",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "float",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "F2oNT7tGTyGFCjAB9" : {
       "name" : "Make competent cells not yet carrying any plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "8p9DTRXiSoymBbC3T",
                   "name" : "Bacterial culture without any plasmid",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Bacterial culture without any plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "Xwooe4QfsLfskZNvG",
                       "name" : "Chemically competent bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "nQbZRzR4ZeKkYMr8X",
                       "name" : "Bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Competent cells",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "Xwooe4QfsLfskZNvG",
                       "name" : "Chemically competent bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Follow the protocol outlined in RFC 99.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "FY69K4x7xdaJT6Lzk" : {
       "name" : "Pick a colony carrying three plasmids from an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Colony",
               "propertyBindings" : {
                   "TnHge69a2HdoogyYG" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2b3de1e4d39cf71091ae27f0bbf41cb6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f941ce021dd20e581e58121991cbb4dd" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 3 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 3 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Pick up a sterile tip with a pipette. Dip it into a single colony so it attaches to the tip without applying suction.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Colony number (arbitrary)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "HA9CLF2Z4kgY3J5rE" : {
       "name" : "Make a liquid culture carrying two plasmids",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                   "name" : "Medium",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Medium",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "REPr8yPYRdPN6gKRB",
                       "name" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Culture",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "xJHpdoBri9Ay3g5bP" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "REPr8yPYRdPN6gKRB",
                       "name" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Inoculate medium",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (ml)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Antibiotics",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Grow at the preferred temperature of the organism.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (h)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "JPmjNykwWASQiD9PX" : {
       "name" : "Gel Electrophoresis",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "dsDNA",
               "multi" : "1"
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "name" : "Gel",
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "QCyBocmukGKrzbkYb",
                       "name" : "Agarose Gel",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "QCyBocmukGKrzbkYb",
                       "name" : "Agarose Gel",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "propertyBindings" : {}
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Measure out 7.5 g of agarose.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Pour agarose powder into microwavable flask along with 500mL of 1xTAE.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Microwave for 1-3min (until the agarose is completely dissolved and there is a nice rolling boil).",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Let agarose solution cool down for 5min.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add 10 µl of 10 mg/l ethidium bromide (EtBr) stock solution (final concentration 0.2 mg/l). EtBr binds to the DNA and allows you to visualize the DNA under ultraviolet (UV) light.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Pour the agarose into a gel tray with the well comb in place.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Place newly poured gel at 4°C for 10-15 minutes OR let sit at room temperature for 20-30 minutes, until it has completely solidified.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add loading buffer to each of your digest samples.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Once solidified, place the agarose gel into the gel box (electrophoresis unit).",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Fill gel box with 1xTAE until the gel is covered.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Carefully load your samples into the additional wells of the gel (recommended: 15 µl).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : "dsDNA"
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Run the gel at 80-150 V until the dye line is approximately 75-80 % of the way down the gel.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Voltage (V)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Turn OFF power, disconnect the electrodes from the power source, and then carefully remove the gel from the gel box.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Using any device that has UV light, visualize your DNA fragments.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "NgpLzurL2RKFojWWA" : {
       "name" : "PCR from Bacteria (colony PCR or genomic amplification)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                   "name" : "Bacteria",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Bacteria",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "xDrcNcGzZ3JnfqCMo",
                   "name" : "Primer",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Primer",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Amplificate",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 4,
                               "input" : 11
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 3,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 4,
                               "input" : 12
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Suspend the picked colony in 10 µl to 20 µl of sterile H2O (or use inoculated medium).",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Mix 12.5 µl OneTaq 2X Master Mix (NEB) with 1 µl of the bacterial suspension.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add primers to a final concentration of 0.5 µM.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : "Primer"
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add H2O to a final volume of 25 µl.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Run your thermocycler.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Initial denaturation temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Initial denaturation time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Denaturation temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Denaturation time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : " Annealing temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Annealing time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Extension temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Extension time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Number of cycles",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Final extension temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Final extension time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the amplificate",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Tube identifier",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Concentration (ng/µl; leave this blank)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "Nm75fDvHCr38nXJBo" : {
       "name" : "Miniprep",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "EZz9pqmLYbZXhdQuZ",
                   "name" : "Bacterial culture carrying a plasmid",
                   "v" : 2
               },
               "name" : "Bacterial culture",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ],
               "name" : "Purified plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Follow the Qiagen protocol",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Plasmid tube identifier",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Measure the concentration on a NanoDrop",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Measured concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "P6LsqW4xkJYaXHFJN" : {
       "name" : "Heat shock plasmid transformation (1 -> 2 plasmid)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "ynpgBQKNqRETb9wZF",
                   "name" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Transformed bacteria",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "xJHpdoBri9Ay3g5bP" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Set a heat block to 42 °C.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Thaw an aliquot chemically competent bacteria on ice.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add plasmid DNA to the aliquot and mix gently by flicking the tube.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of DNA (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for 10 min to 30 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Heat shock the bacteria for exactly 30 s (20 s for E. coli BL21(DE3)).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for approx. 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 1 ml of SOC or LB medium and recover the plasmids for 1 h at 37 °C while shaking (optional if the new plasmid only adds an Ampicillin resistance).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Optionally spin down the recovered suspension and resuspend it in a minimal volume of medium.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Plate the suspension on agar supplemented with the appropriate antibiotics (fill in the appropriate protocol here!).",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "PxYonEdgff39dmkhq" : {
       "name" : "Plasmid purification (Qiagen PCR Purification Kit)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }, 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Purified plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Follow the Qiagen protocol.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Identifier of the new purified plasmid tube",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Measure the concentration with a NanoDrop.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Measured concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "TD9txcymCuToDta7x" : {
       "name" : "Anneal complementary oligonucleotides",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "xDrcNcGzZ3JnfqCMo",
                   "name" : "Primer",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Oligo",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "dsDNA",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix equal amounts of the oligonucleotides in an appropriate buffer.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Buffer used",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the resulting dsDNA",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Tube identifier",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Heat the mixture to 95 °C, then slowly cool it down to room temperature over approx. 45 min (by switching of the heat block or using a ramp-cool method in a thermocycler).",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "WSMMH3bg6CcrcAJ3x" : {
       "name" : "Phusion Flash PCR ",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "dsDNA",
               "multi" : true
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "xDrcNcGzZ3JnfqCMo",
                   "name" : "Primer",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Primer",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 1
                   }
               ],
               "name" : "Amplificate",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 4,
                               "input" : 11
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Add H2O to a final volume of 50 µl.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 25 µl 2X Phusion Flash Master Mix.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add primers to a final concentration of 0.5 µM.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : "Primer"
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 2.5 pg to 25 ng template DNA.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : "dsDNA"
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Run your thermocycler.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Initial denaturation temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Initial denaturation time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Denaturation temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Denaturation time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Annealing temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Annealing time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Extension temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Extension time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Number of cycles",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Final Extension temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Final Extension time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the amplificate",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "ZuE3NijkBg4WwpzKc" : {
       "name" : "Recovery of plasmid DNA from filter paper",
       "params" : [],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ],
               "name" : "Plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Use clean gloves and cut the marked circle area that contains the dried plasmid DNA.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Plasmid name",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Resistance marker(s)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Tube identifier",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Concentration (ng/µl; leave this blank)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Using clean forceps, insert the filter paper into a 1.5 ml micro centrifuge tube. Add 50 µl of pure water (or until the paper is completely soaked), vortex briefly and incubate at room temperature for 5 minutes. Vortex again and centrifuge the tube for a few seconds.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Remove about 5 µl of supernatant for use in transfecting E. coli by electroporation or chemical means. Please do not try to use the DNA directly for any application other than to transform bacteria and prepare a plasmid stock.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Store the remainder of the filter paper/water mix at -20 or -80 °C as a permanent archive in case that your plasmid stock ever gets lost or if something turns out to be wrong with it.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "bSEHCZgLpXJ6nb9ze" : {
       "name" : "Streak bacteria carrying three plasmid onto an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Agar plate",
               "propertyBindings" : {
                   "MzS2Gbq22sfG4j8BW" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2b3de1e4d39cf71091ae27f0bbf41cb6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f941ce021dd20e581e58121991cbb4dd" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 3 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 3 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "MzS2Gbq22sfG4j8BW",
                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Streak the bacteria onto the agar plate or use sterile glass beads.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "ejzAEWvtdZ7g9ju6j" : {
       "name" : "Gel extraction of a plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "QCyBocmukGKrzbkYb",
                   "name" : "Agarose Gel",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Agarose Gel",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }, 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Excised plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 2,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Using a clean scalpel, excise the desired band(s) from the agarose gel.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Lanes/bands",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the excised plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Resistance marker(s) of the excised plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Follow the Qiagen protocol.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Identifier of the resulting tube",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Mesaure the concentration on a NanoDrop.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Measured concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "gM7FyZeyNrM4hwxZk" : {
       "name" : "Dissolve plasmid DNA from the registry distribution",
       "params" : [],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ],
               "name" : "Plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 4
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 6
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 5
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Add 10 µl H2O to the well of the registry distribution if it was not previously used.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Distribution (year)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Plate",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Well",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Plasmid name",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Resistance marker(s)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Tube identifier (leave this field blank)",
                       "type" : "text",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Concentration (ng/µl; leave this field blank)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Use 1-2 µl for transformation.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "hmhE7AHgjXE8Khw6M" : {
       "name" : "Gel extraction",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "QCyBocmukGKrzbkYb",
                   "name" : "Agarose Gel",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Agarose Gel",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Excised DNA fragment",
               "propertyBindings" : {
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 2,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Using a clean scalpel, excise the desired band(s) from the agarose gel.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Lanes/bands",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the excised DNA fragment",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Follow the Qiagen protocol.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Identifier of the resulting tube",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Mesaure the concentration on a NanoDrop.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Measured concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "jT9cdZ9T5JgFDEJXe" : {
       "name" : "Heat shock plasmid transformation (2 -> 3 plasmids)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "GRdscXrjMDhW6E8FF",
                   "name" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Transformed bacteria",
               "propertyBindings" : {
                   "TnHge69a2HdoogyYG" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2b3de1e4d39cf71091ae27f0bbf41cb6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f941ce021dd20e581e58121991cbb4dd" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 3 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Set a heat block to 42 °C.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Thaw an aliquot chemically competent bacteria on ice.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add plasmid DNA to the aliquot and mix gently by flicking the tube.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of DNA (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for 10 min to 30 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Heat shock the bacteria for exactly 30 s (20 s for E. coli BL21(DE3)).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for approx. 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 1 ml of SOC or LB medium and recover the plasmids for 1 h at 37 °C while shaking (optional if the new plasmid only adds an Ampicillin resistance).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Optionally spin down the recovered suspension and resuspend it in a minimal volume of medium.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Plate the suspension on agar supplemented with the appropriate antibiotics (fill in the appropriate protocol here!).",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "kKiCHxutJLzPKayCC" : {
       "name" : "Streak bacteria carrying two plasmids onto an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Agar plate",
               "propertyBindings" : {
                   "BcetWv5RJeQcBmfee" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Streak the bacteria onto the agar plate or use sterile glass beads.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "kxBySpW3SnbWuYMRw" : {
       "name" : "Streak bacteria carrying a plasmid onto an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                   "v" : 2
               },
               "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Agar plate",
               "propertyBindings" : {
                   "D2DD2v2FYpYQLFwji" : {
                       "0ac71517d2d368cdbabf8b9914716902" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e4963ca4d4576f5cb6f8af52e3d038b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistances(s) encoded on the plasmid",
                               "from" : {
                                   "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Streak the bacteria onto the agar plate or use sterile glass beads.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "mJNyMCoEko3JKRv5x" : {
       "name" : "Heat shock plasmid transformation (0 -> 1 plasmid)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "Xwooe4QfsLfskZNvG",
                   "name" : "Chemically competent bacteria without any plasmid",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Chemically competent bacteria",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Bacteria carrying the plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "PpBkfrLAqTw2CwNZX" : {
                       "0ac71517d2d368cdbabf8b9914716902" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "10990dcf66373fff11ef907bc2b1ef97" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Set a heat block to 42 °C.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Thaw an aliquot chemically competent bacteria on ice.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add plasmid DNA to the aliquot and mix gently by flicking the tube.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of DNA (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for 10 min to 30 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Heat shock the bacteria for exactly 30 s (20 s for E. coli BL21(DE3)).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for approx. 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 1 ml of SOC or LB medium and recover the plasmids for 1 h at 37 °C while shaking (optional if the new plasmid only adds an Ampicillin resistance).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Temperature (°C)",
                       "type" : "float",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Optionally spin down the recovered suspension and resuspend it in a minimal volume of medium.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Plate the suspension on agar supplemented with the appropriate antibiotics (fill in the appropriate protocol here!).",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "maDx7F6ry8Mw5JmKf" : {
       "name" : "Pick a colony carrying a plasmid from an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Colony",
               "propertyBindings" : {
                   "PpBkfrLAqTw2CwNZX" : {
                       "0ac71517d2d368cdbabf8b9914716902" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "10990dcf66373fff11ef907bc2b1ef97" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistances(s) encoded on the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Pick up a sterile tip with a pipette. Dip it into a single colony so it attaches to the tip without applying suction.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Colony number (arbitrary)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Resuspend the colony in sterile medium or water.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "ms6uHrB9Fv23Tge2J" : {
       "name" : "Make a glycerol stock of bacteria carrying two plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "REPr8yPYRdPN6gKRB",
                   "name" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "rStb6rLuoj5YiEcYc",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Glycerol stock",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "xJHpdoBri9Ay3g5bP" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "rStb6rLuoj5YiEcYc",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix an aliquot of a LB culture with the same volume of storage buffer.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Freeze at -80 °C.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "mzGLz4CZBhmDHNivi" : {
       "name" : "Make Medium",
       "params" : [],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                       "name" : "Medium",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Medium",
               "propertyBindings" : {
                   "HS9a6rQbkgvXHqtqP" : {
                       "445236f3cc0cda3bb87208a67be7d3f4" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Antibiotics",
                               "from" : {
                                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                                   "name" : "Medium",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                                   "name" : "Medium",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 0
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "98fc9226c3fe878e39cd048fbd1c3692" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Short name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                                   "name" : "Medium",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "f15c1cae7882448b3fb0404682e17e61" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Content",
                               "from" : {
                                   "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                                   "name" : "Medium",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 0,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "HS9a6rQbkgvXHqtqP",
                       "name" : "Medium",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Put appropriate amount of Mediums powder, put it into correct bottle, label it correctly and put in the correct box for autoclavation",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Name of the Medium",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Content of the Medium",
                       "type" : "text",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Antibiotics of the Medium",
                       "type" : "text",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Short Name of the Medium",
                       "type" : "text",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "n4Sg8s8AfhMEtQtFH" : {
       "name" : "Plasmid ligation with T4 DNA Ligase (NEB)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "dsDNA",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ],
               "name" : "Plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 1
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 4
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 1,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix water and T4 DNA Ligase Buffer (NEB).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of water (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of buffer(µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add DNA.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of DNA (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : "dsDNA"
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the resulting plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Identifier of the resulting plasmid tube",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Resistance marker(s) on the resulting plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Total DNA concentration (ng/µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate at room temperature.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   },
   "oFoQguhSKQKC2Hfms" : {
       "name" : "Gather bacteria carrying a plasmid from an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Bacteria",
               "propertyBindings" : {
                   "PpBkfrLAqTw2CwNZX" : {
                       "0ac71517d2d368cdbabf8b9914716902" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "10990dcf66373fff11ef907bc2b1ef97" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                               "from" : {
                                   "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                   "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                   "v" : 2
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistances(s) encoded on the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "D2DD2v2FYpYQLFwji",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                       "v" : 2
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Using a sterile item, gather some bacteria from the plate.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "ojKqKzgeLkvNvLDgw" : {
       "name" : "Heat shock plasmid transformation (0 -> 2 plasmids)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "Xwooe4QfsLfskZNvG",
                   "name" : "Chemically competent bacteria without any plasmid",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Chemically competent bacteria without any plasmid",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid 1",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid 2",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Transformed bacteria",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "xJHpdoBri9Ay3g5bP" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 2",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 1",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 2",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 1",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Set a heat block to 42 °C.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Thaw an aliquot chemically competent bacteria on ice.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add plasmid DNA to the aliquot and mix gently by flicking the tube.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of plasmid 1 (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of plasmid 2 (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for 10 min to 30 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Heat shock the bacteria for exactly 30 s (20 s for E. coli BL21(DE3)).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for approx. 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 1 ml of SOC or LB medium and recover the plasmids for 1 h at 37 °C while shaking.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Optionally spin down the recovered suspension and resuspend it in a minimal volume of medium.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Plate the suspension on agar supplemented with the appropriate antibiotics (fill in the appropriate protocol here!).",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "ovMK2ktEeSommgLa2" : {
       "name" : "Heat shock plasmid transformation (1 -> 3 plasmids)",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "ynpgBQKNqRETb9wZF",
                   "name" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid 1",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                   "name" : "Plasmid",
                   "v" : 4
               },
               "name" : "Plasmid 2",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Transformed bacteria",
               "propertyBindings" : {
                   "TnHge69a2HdoogyYG" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 1",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded by the plasmid",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 1",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2b3de1e4d39cf71091ae27f0bbf41cb6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 2",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance marker(s)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                       "name" : "Plasmid",
                                       "v" : 4
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "PpBkfrLAqTw2CwNZX",
                                       "name" : "Bacteria carrying a plasmid",
                                       "v" : 2
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f941ce021dd20e581e58121991cbb4dd" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 3 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Plasmid 2",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                       "name" : "dsDNA",
                                       "v" : 3
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Chemically competent bacteria already carrying a plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Set a heat block to 42 °C.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Thaw an aliquot chemically competent bacteria on ice.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Add plasmid DNA to the aliquot and mix gently by flicking the tube.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume of plasmid 1 (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of plasmid 2 (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for 10 min to 30 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Heat shock the bacteria for exactly 30 s (20 s for E. coli BL21(DE3)).",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Incubate the bacteria on ice for approx. 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 1 ml of SOC or LB medium and recover the plasmids for 1 h at 37 °C while shaking.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Duration (min)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Optionally spin down the recovered suspension and resuspend it in a minimal volume of medium.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Plate the suspension on agar supplemented with the appropriate antibiotics (fill in the appropriate protocol here!).",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "pk9LqRH9ot8JiKx23" : {
       "name" : "Make a glycerol stock of bacteria without any plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "8p9DTRXiSoymBbC3T",
                   "name" : "Bacterial culture without any plasmid",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Bacterial culture",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "43wT4pL9HtNJZkbXg",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "nQbZRzR4ZeKkYMr8X",
                       "name" : "Bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Glycerol stock",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "43wT4pL9HtNJZkbXg",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix an aliquot of a LB culture with the same volume of storage buffer.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Freeze at -80 °C.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "qGNf5sATkiC4P7RqF" : {
       "name" : "Gather bacteria carrying two plasmids from an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Bacteria",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "xJHpdoBri9Ay3g5bP" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Using a sterile item, gather some bacteria from the plate.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "rruYDCjZRHTSEgj9g" : {
       "name" : "Expression of Dnmt1 (linear)",
       "params" : [ 
           {
               "multi" : false,
               "name" : "Protein",
               "type" : {
                   "_id" : "EvktbSLNuky83N3ve",
                   "name" : "Protein",
                   "v" : 0
               }
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "EvktbSLNuky83N3ve",
                       "name" : "Protein",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Dnmt1 (linear)",
               "propertyBindings" : {
                   "EvktbSLNuky83N3ve" : {
                       "cf61794ef8e0f6c9fd2fc60c97816c58" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Molecular weight (kDa)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "EvktbSLNuky83N3ve",
                                   "name" : "Protein",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Protein",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Molecular weight (kDa)",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "EvktbSLNuky83N3ve",
                                       "name" : "Protein",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "EvktbSLNuky83N3ve",
                       "name" : "Protein",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Transform the plasmid harboring DNMT1 (Kanamycin resistant) into Rosetta DE3 competent cells (Chloramphenicol resistant) ( negative control untransformed)",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "(Transformation protocol)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Inoculate a few colonies to 40 ml LB+Kan+Cm medium to grow the cells overnight at 37 °C (Prepare 4l LB+Kan+Cm medium to autoclave)",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Culturing size",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Incubation time (h)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Incubation temperature (°C)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Dispense 10 ml of the growth culture into each 1 l flask and grow the cells at 37 °C. When the cell OD reaches ~0.6, lower the temperature to 15-20 °C",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Incubation time (min)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Incubation temperature (°C)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "OD when lowering temperature",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "lowered incubation temperature (°C)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "30 min later, add IPTG (0.4 mM final concentration) and ZnCl2 (0.1 mM final concentration) into the media and continue to grow the cells overnight.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "added IPTG concentration (mM)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "added ZnCl2 concentration (mM)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "incubation time (h)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Spin down the cells at 4000 rpm for 20 min (4 °C, 5th or 6th floor, fill 500 ml buckets for Ja10 rotor to 375 ml), and resuspend the cell paste in HisTrap loading buffer, with approximately 20 ml buffer for each liter of cell paste. (Take sample S1, accordingly C1 from untransformed control)",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "spin down rpm ",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "spin down time (min)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "resuspension amount",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "SONICATION of the cells (Lohmann group, cold room 4th floor) while keeping them on ice, disrupt the cells using sonication. To avoid the protein degradation and aggregation, add PMSF and DTT to 1 μM and 0.5 mM respectively.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "added PMSF concentration (µM)",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "added DTT concentration (mM)",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Place the sonication tip in the sample, close to the bottom, but not touching the tube. Select the right program: Microtip: yes; Amplitude 60; Working time 2 min; On 0.02; Off 0.05 After 5 minutes, check if the sample did not heat up and repeat the program one more time. Clean the tip with some ethanol after use.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Amplitude",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Working time (min)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "On",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Off",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Working time (min)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "After the cell is lysed, spin down the cell lysate using high speed or ultracentrifuge (17000 rpm x 45 min, Ti70 rotor, thick wall tubes [355631], filled to 15 ml)",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "rpm",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "time (min)",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Collect the supernatant. If any aggregates or particles are visible, filter the supernatant with a 0.2 µm filter using a syringe. (Take sample from supernatant S2 and pellet S3, accordingly C2 and C3 from untransformed control)",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "filtering due to visible aggregates ",
                       "type" : "bool",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Load the supernatant to pre-equilibrated HisTrap column, wash the column using 200 ml of chilled His trap loading buffer, and elute the fusion protein using elution buffer.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "wash volume (ml)",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "elute volume (ml)",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Collect the eluent and dialyze the protein sample against dialysis buffer overnight at 4C. > Optional: adding protease inhibitor cocktail tablets will help DNMT1 from proteolytic degradation.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Dialysis time (h)",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "protease inhibitor cocktail tablet",
                       "type" : "bool",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Take out sample from dialysis tube, spin down the sample and remove any precipitate",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "rpm",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "time (min)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Load the supernatant to the Heparin column, then apply the salt gradient with Buffer A and B. The target protein is expected to elute at 0.4-0.5 M NaCl.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Collect the fractions and run the SDS Page to examine the protein (~100 kD). Pool together the protein fraction with significant purity",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Concentrate the fractions to about 1 ml using concentration spin columns (25MWCO)",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "The protein is finally purified through a 16/60 Superdex 200 size exclusion column using Gel filtration buffer",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "After the gel filtration, the protein will be examined by SDS page. The fractions with >90% purity will be pooled",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Concentration of sample and storage at -80C freezer.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "v97Nktv4idauP3hYh" : {
       "name" : "Make competent cells already carrying two plasmid",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "GRdscXrjMDhW6E8FF",
                       "name" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Competent cells",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "xJHpdoBri9Ay3g5bP" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "GRdscXrjMDhW6E8FF",
                       "name" : "Chemically competent bacteria already carrying two plasmid",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Follow the protocol outlined in RFC 99.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "vB88pigyWbKvmKir6" : {
       "name" : "Pick a colony without any plasmid from an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "s8gikcCG8ZHcj2xPf",
                   "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "nQbZRzR4ZeKkYMr8X",
                       "name" : "Bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Colony",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "s8gikcCG8ZHcj2xPf",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "s8gikcCG8ZHcj2xPf",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria without any plasmid",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "nQbZRzR4ZeKkYMr8X",
                       "name" : "Bacteria without any plasmid",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Pick a single colony from the agar plate using a sterile pipette tip.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Colony number",
                       "type" : "uint",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Resuspend the colony in appropriate medium to make a culture or in sterile water.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "vj752RxeBbHsHi83w" : {
       "name" : "Pick a colony carrying two plasmids from an agar plate",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                   "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                   "v" : 0
               },
               "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Picked colony",
               "propertyBindings" : {
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "xJHpdoBri9Ay3g5bP" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                                   "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "BcetWv5RJeQcBmfee",
                                       "name" : "Agar plate with bacteria carrying two plasmids",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "xJHpdoBri9Ay3g5bP",
                       "name" : "Bacteria carrying two plasmids",
                       "v" : 0
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Pick up a sterile tip with a pipette. Dip it into a single colony so it attaches to the tip without applying suction.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Colony number (arbitrary)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Resuspend the colony in sterile medium or water.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "xBmBAjXPQntkvc8d5" : {
       "name" : "Make a glycerol stock of bacteria carrying three plasmids",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "oeN5Sukt5toY6taDR",
                   "name" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                   "v" : 1
               },
               "name" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
               "multi" : false
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "LkWcfF5oC8LrsvrNc",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }, 
                   {
                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                       "name" : "Bacteria",
                       "v" : 0
                   }
               ],
               "name" : "Glycerol stock",
               "propertyBindings" : {
                   "TnHge69a2HdoogyYG" : {
                       "1558d87b3c90b6b6f071e0956b41972a" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 2 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 2 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "22f17faf09867bb581e2c6776c2e9186" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 1",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2ab23d19da35facf9f19887a4e325d28" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 2",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "2b3de1e4d39cf71091ae27f0bbf41cb6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Resistance(s) encoded on plasmid 3",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f922bf1c87974ac79330856f49dc41b7" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 1 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 1 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "f941ce021dd20e581e58121991cbb4dd" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Plasmid 3 name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                   "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                   "v" : 1
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Plasmid 3 name",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "TnHge69a2HdoogyYG",
                                       "name" : "Bacteria carrying three plasmids",
                                       "v" : 1
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   },
                   "YW7epnToTmqmHEEwx" : {
                       "1ed8ac857097c4fbbbc15cd373ef96bc" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Strain",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Strain",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       },
                       "e1520b5997a532c7889f6e8883920ab8" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Species",
                               "from" : {
                                   "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                   "name" : "Bacteria",
                                   "v" : 0
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "param" : "Bacterial culture carrying three plasmids",
                               "paramProperty" : {
                                   "name" : "Species",
                                   "from" : {
                                       "_id" : "YW7epnToTmqmHEEwx",
                                       "name" : "Bacteria",
                                       "v" : 0
                                   }
                               }
                           },
                           "sourceType" : "paramProperty"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "LkWcfF5oC8LrsvrNc",
                       "name" : "Glycerol stock of bacteria carrying three plasmids",
                       "v" : 1
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix an aliquot of a LB culture with the same volume of storage buffer.",
               "inputs" : []
           }, 
           {
               "desc" : "Freeze at -80 °C.",
               "inputs" : []
           }
       ]
   },
   "z46dHCjoZpLkNgm4k" : {
       "name" : "CPEC",
       "params" : [ 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "Backbone",
               "multi" : false
           }, 
           {
               "type" : {
                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                   "name" : "dsDNA",
                   "v" : 3
               },
               "name" : "Insert",
               "multi" : true
           }
       ],
       "products" : [ 
           {
               "allTypes" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }, 
                   {
                       "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                       "name" : "dsDNA",
                       "v" : 3
                   }
               ],
               "name" : "Assembled plasmid",
               "propertyBindings" : {
                   "cvt43tybpDTWdk2xR" : {
                       "c29e15397d29fc94dad70016db7ab2e9" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Resistance marker(s)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                                   "name" : "Plasmid",
                                   "v" : 4
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 2,
                               "input" : 3
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   },
                   "k9LEWTcbmQn53Gzo7" : {
                       "49ee3087348e8d44e1feda1917443987" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Name",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 2,
                               "input" : 2
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "4da843835f15245d46602c3d57b579b6" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Concentration (ng/µl)",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 2,
                               "input" : 5
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       },
                       "6f8ac39f837ee4598b7358ce18aec601" : {
                           "property" : {
                               "name" : "Tube identifier",
                               "from" : {
                                   "_id" : "k9LEWTcbmQn53Gzo7",
                                   "name" : "dsDNA",
                                   "v" : 3
                               }
                           },
                           "source" : {
                               "step" : 2,
                               "input" : 4
                           },
                           "sourceType" : "input"
                       }
                   }
               },
               "types" : [ 
                   {
                       "_id" : "cvt43tybpDTWdk2xR",
                       "name" : "Plasmid",
                       "v" : 4
                   }
               ]
           }
       ],
       "steps" : [ 
           {
               "desc" : "Mix the DNA fragments at the desired ratio. Optionally add a small amount of DMSO.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Insert-to-vector ratio",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of the backbone fragment (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of the insert fragments (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Volume of DMSO (µl)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Add 2X Phusion Flash Master Mix",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Volume (µl)",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }, 
           {
               "desc" : "Place the reaction in a thermocycler and run the following program: Initial denaturation at 98 °C for 10 s; 1 to 30 cycles of 1 s denaturation at 98 °C, 5 s annealing, extension at 72 °C for 15 to 30 s/kb of the longest fragment; final extension at 72 °C for 5 min.",
               "inputs" : [ 
                   {
                       "desc" : "Annealing temperature (°C)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Extension time (s)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Name of the resulting plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Resistance marker(s) of the resulting plasmid",
                       "type" : "text",
                       "required" : true,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Identifier of this reaction (optional)",
                       "type" : "text",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }, 
                   {
                       "desc" : "Concentration (ng/µl; leave this blank)",
                       "type" : "ufloat",
                       "required" : false,
                       "multiParam" : null
                   }
               ]
           }
       ]
   }

};