Team:Hong Kong-CUHK/home.html

From 2014.igem.org

(Difference between revisions)
m
m (Undo revision 371776 by Lilyy (talk))
Line 1: Line 1:
 +
<html>
 +
 +
<head>
 +
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, maximum-scale=1">
 +
    <link href="https://2014.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK/css/bootstrap.min.css?action=raw&ctype=text/css" rel="stylesheet">
 +
    <link href="https://2014.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK/css/common.css?action=raw&ctype=text/css" rel="stylesheet">
 +
    <script src="https://2014.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK/js/jquery-1.11.1.min.js?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
    <script src="https://2014.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK/js/bootstrap.min.js?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
    <script src="https://2014.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK/js/common.js?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
</head>
 +
<style type="text/css">
<style type="text/css">
-
.fixed {
+
/* Traffic Light */
 +
 
 +
#traffic-light {
     position: fixed;
     position: fixed;
 +
    left: 10px;
 +
    bottom: 50px;
 +
    z-index: 999;
}
}
-
/* sidebar */
+
#traffic-light a {
-
 
+
    background-image: url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/thumb/c/c3/Trafficlightred.png/293px-Trafficlightred.png');
-
.bs-docs-sidebar {
+
    background-size: contain;
-
     padding-left: 20px;
+
     background-repeat: no-repeat;
-
     margin-top: 20px;
+
    width: 119px;
-
     margin-bottom: 20px;
+
    height: 200px;
 +
    display: block;
 +
     margin-left: 5px;
 +
     margin-bottom: -50px;
}
}
-
/* all links */
+
#traffic-light a:hover {
-
 
+
     background-image: url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/thumb/a/af/Trafficlightgreen.png/293px-Trafficlightgreen.png');
-
.bs-docs-sidebar .nav>li>a {
+
-
     color: #999;
+
-
    border-left: 2px solid transparent;
+
-
    padding: 4px 20px;
+
-
    font-size: 13px;
+
-
    font-weight: 400;
+
}
}
-
/* nested links */
+
/* nav bar */
-
.bs-docs-sidebar .nav .nav>li>a {
+
.navbar-nav > li > a {
-
     padding-top: 1px;
+
     padding: 0px;
-
     padding-bottom: 1px;
+
     background-repeat: no-repeat !important;
-
     padding-left: 30px;
+
     background-size: 100% 100%;
-
     font-size: 12px;
+
     background-attachment: fixed;
}
}
-
/* active & hover links */
+
#navbar-separator {
-
 
+
    height: 30px;
-
.bs-docs-sidebar .nav>.active>a,
+
    background-image: url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/thumb/b/b8/Rail-line.png/800px-Rail-line.png');
-
.bs-docs-sidebar .nav>li>a:hover,
+
     background-repeat: repeat-x;
-
.bs-docs-sidebar .nav>li>a:focus {
+
     background-size: auto 100%;
-
    color: #563d7c;
+
-
     text-decoration: none;
+
-
     background-color: transparent;
+
-
    border-left-color: #563d7c;
+
}
}
-
/* all active links */
+
#train {
-
 
+
    width: 1000px;
-
.bs-docs-sidebar .nav>.active>a,
+
    height: 220px;
-
.bs-docs-sidebar .nav>.active:hover>a,
+
    border: 0;
-
.bs-docs-sidebar .nav>.active:focus>a {
+
    padding: 0;
-
     font-weight: 700;
+
    margin-top: -30px;
 +
    background-image: url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/thumb/f/ff/Train.png/800px-Train.png');
 +
    background-size: contain;
 +
     background-repeat: no-repeat;
}
}
-
/* nested active links */
+
#train a {
-
 
+
    display: inline-block;
-
.bs-docs-sidebar .nav .nav>.active>a,
+
    position: absolute;
-
.bs-docs-sidebar .nav .nav>.active:hover>a,
+
     /*border: 1px solid red;*/
-
.bs-docs-sidebar .nav .nav>.active:focus>a {
+
-
     font-weight: 500;
+
}
}
-
/* hide inactive nested list */
+
body {
-
 
+
    background-color: #FFFFFF;
-
.bs-docs-sidebar .nav ul.nav {
+
     background-image: url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/e/ea/Cuhk-bg.png');
-
     display: none;
+
}
}
-
/* show active nested list */
+
#widthWrapper {
-
 
+
     min-width: 1200px;
-
.bs-docs-sidebar .nav>.active>ul.nav {
+
-
     display: block;
+
}
}
-
.subgroup.well {
+
.container-fluid,
-
     text-align: justify;
+
.container {
 +
     padding: 0;
}
}
-
.subgroup {
+
.row {
-
     background-color: rgba(255, 255, 255, 0.8);
+
     margin: 0;
 +
}
 +
.navbar-header {
 +
    margin-left: 0 !important;
 +
    margin-right: 0 !important;
 +
    float: left !important;
 +
}
 +
.navbar-brand {
 +
    margin-left: 0px !important;
 +
}
 +
.navbar {
 +
    min-width: 1200px;
 +
    overflow: hidden;
 +
}
 +
.navbar .container {
 +
    margin-left: 20px;
 +
    min-width: 1170px;
 +
}
 +
.content-wrapper {
 +
    top: 0px;
 +
    left: 0px;
 +
    position: relative;
 +
    width: 100%;
 +
}
 +
#footer-box {
 +
    opacity: 0.3;
 +
    filter: alpha(opacity=30);
 +
    /* For IE8 and earlier */
 +
   
 +
    bottom: -580px;
 +
}
 +
#footer-box:hover {
 +
    opacity: 1;
 +
    filter: alpha(opacity=100);
 +
    /* For IE8 and earlier */
 +
}
 +
#globalWrapper {
 +
    font-size: 100%;
 +
}
 +
h1,
 +
h2,
 +
h3,
 +
h4,
 +
h5,
 +
h6,
 +
.h1,
 +
.h2,
 +
.h3,
 +
.h4,
 +
.h5,
 +
.h6 {
 +
    font-family: inherit;
 +
    font-weight: 500;
 +
    line-height: 1.1;
 +
    color: inherit;
 +
    border-bottom: 0px solid #aaa;
}
}
</style>
</style>
-
<div id="safety-content" class="row">
+
<script type="text/javascript">
-
    <!--Nav Bar -->
+
var teamSubTopic = [{
-
     <nav class="col-sm-3 hidden-xs bs-docs-sidebar">
+
     "id": "link-offical",
-
        <ul id="sidebar" class="nav nav-stacked">
+
    "content": "team1.html",
-
            <li class="active">
+
    "background": "url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/5/5f/Cloud1.png')",
-
                <a href="#protocol">Protocol</a>
+
    "width": 50,
-
                <ul class="nav nav-stacked">
+
    "height": 45,
-
                    <li><a href="#DNA">Bacterial DNA extraction protocol for <br>Azotobacter vinelandii or E.coli</a>
+
    "offset": {
-
                    </li>
+
        "left": 50,
-
                    <li><a href="#miniprep">Miniprep</a>
+
        "top": 50,
-
                    </li>
+
    }
-
                    <li><a href="#BL21">Preparation of chemically competent BL21 <br>E. coli cells</a>
+
}, {
-
                    </li>
+
    "id": "link-ours",
-
                    <li><a href="primer">Primer Design</a>
+
    "content": "acknowledgement.html",
-
                    </li>
+
    "background": "url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/5/5f/Cloud1.png')",
-
                    <li><a href="#pcr1">PCR - Phusion DNA polymerase NEB</a>
+
    "width": 0,
-
                    </li>
+
    "height": 0,
-
                    <li><a href="#pcr2">PCR - PCR - LA Taq DNA polymerase Takara</a>
+
    "offset": {
-
                    </li>
+
        "left": 100,
-
                    <li><a href="#DDD">Double Digestion of DNA with 2 different restriction enzymes NEB</a>
+
        "top": 20,
-
                    </li>
+
    }
-
                    <li><a href="#BL21">Preparation of chemically competent BL21 E. coli cells</a>
+
}];
-
                    </li>
+
-
                </ul>
+
-
            </li>
+
-
            <li>
+
-
                <a href="#notebook">Notebook</a>
+
-
                <ul class="nav nav-stacked">
+
-
                    <li><a href="#june">June</a>
+
-
                    </li>
+
-
                    <li><a href="#july">July</a>
+
-
                    </li>
+
-
                    <li><a href="#august">August</a>
+
-
                    </li>
+
-
                    <li><a href="#september">September</a>
+
-
                    </li>
+
-
                    <li><a href="#october">October</a>
+
-
                    </li>
+
-
                </ul>
+
-
            </li>
+
-
        </ul>
+
var safetySubTopic = [{
-
     </nav>
+
     "id": "link-offical",
-
    <!--Main Content -->
+
     "content": "safety.html",
-
     <div class="col-sm-9">
+
    "link": "#group-training",
-
        <section id="protocol" class="group">
+
    "background": "url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/5/5f/Cloud1.png')",
-
            <h2><b>PROTOCOL</b>
+
    "width": 100,
-
            </h2>
+
    "height": 45,
-
            <h3 id="DNA"><b>Bacterial DNA extraction protocol for Azotobacter vinelandii or E.coli</b>
+
    "offset": {
-
            </h3>
+
        "left": 150,
-
            <div class="subgroup well">We are using the <a href="http://www.takara.co.kr/file/manual/pdf/9763_e.v1309Da.pdf" target="_blank">TaKaRa MiniBEST Bacteria Genomic DNA Extraction Kit</a> of Takara according to the manufacturer directions.
+
        "top": 10,
-
            </div>
+
    }
-
            <h3 id="miniprep"><b>Miniprep</b>
+
}, {
-
            </h3>
+
    "id": "link-ours",
-
            <div class="subgroup well">We are using the <a href="http://eshop.intronbio.com/product/detail04.asp?pIdx=1" target="_target">DNA-spin&#8482 Plasmid DNA Purification Kit</a> of Intron Technology according to the manufacturer directions.
+
    "content": "safety.html",
-
            </div>
+
    "link": "#group-local-rules",
-
            <h3 id="BL21"><b>Preparation of chemically competent BL21 E. coli cells</b>
+
    "background": "url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/5/5f/Cloud1.png')",
-
            </h3>
+
    "width": 100,
-
            <div class="subgroup well">
+
    "height": 45,
-
                <p>
+
    "offset": {
-
                    Day1
+
        "left": 400,
-
                    <br>Streak Bl21 on a LB agar plate without antibiotic, grow overnight in 37&#8451 incubator
+
        "top": 10,
-
                </p>
+
    }
 +
}];
-
                <p>
+
var wikiContent = [{
-
                    Day2
+
    "id": "link-home",
-
                    <br>Pick a single colony and inoculate into 3ml LB broth, grow o/n in 37&#8451 shaker
+
    "content": "home-1.html?action=raw&ctype=text/html",
-
                    <br>Prepare & autoclave 500ml LB broth
+
    "width": 135,
-
                    <br>Check if there is enough liquid nitrogen
+
    "height": 130,
-
                    <br>
+
    "offset": {
-
                </p>
+
        "left": 0,
-
                <p>Day3 Morning: pour the 3ml dense pre-culture into 500ml LB broth
+
        "top": 60,
-
                    <br>Shake in 37C until OD600nm reach 0.8
+
    }
-
                    <br>[Melody's experience: it takes 4~5hrs]</p>
+
}, {
 +
    "id": "link-team",
 +
    "content": "team.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "subtopic": teamSubTopic,
 +
    "width": 90,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 135,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}, {
 +
    "id": "link-project",
 +
    "content": "project.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "width": 90,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 233,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}, {
 +
    "id": "link-biobricks",
 +
    "content": "biobricks.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "width": 90,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 332,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}, {
 +
    "id": "link-modelling",
 +
    "content": "modelling.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "width": 90,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 431,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}, {
 +
    "id": "link-human-practice",
 +
    "content": "humanpractice.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "width": 90,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 530,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}, {
 +
    "id": "link-safety",
 +
    "content": "safety.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "subtopic": safetySubTopic,
 +
    "width": 90,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 628,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}, {
 +
    "id": "link-documentation",
 +
    "content": "documentation.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "width": 102,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 731,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}, {
 +
    "id": "link-acknowledgement",
 +
    "content": "acknowledgement.html?action=raw&ctype=text/html",
 +
    "width": 121,
 +
    "height": 75,
 +
    "offset": {
 +
        "left": 843,
 +
        "top": 115,
 +
    }
 +
}];
-
                <p>Solution Needed
+
var offsetChimney = {
-
                    <br>Wash Buffer I
+
    "left": 30,
-
                    <br>800mM MgCl2 + 20mM CaCl2</p>
+
    "top": 30
 +
};
-
                 <p>Wash Buffer II
+
function makelink(picset, wrapper, defaultPage, isAnimated, callbackClick, callbackHover) {
-
                     <br>125mM CaCl2</p>
+
    var deferreds = [];
 +
    $.each(picset, function(index, value) {
 +
        if (value['content'] != null) {
 +
            deferreds.push(
 +
                 $.get(value['content'], function(data) {
 +
                     value['loadedContent'] = data;
 +
                })
 +
            );
 +
        }
 +
    });
-
                <p>Resuspend Buffer
+
    wrapper.empty();
-
                    <br>85mM CaCl2 + 15% glycerol [filtered]</p>
+
-
                <ol>
+
    $.when.apply(null, deferreds).done(function() {
-
                    <li>pre-cool Wash Buffer I & Wash Buffer II in ice</li>
+
        $.each(picset, function(index, value) {
-
                    <li>Pre-cool the centrifuge to 4C (with fixed angle rotor)</li>
+
             var link = $('<a></a>');
-
                    <li>Check the OD600nm of the 500ml culture</li>
+
             link = link.width(value['width']).height(value['height'])
-
                    <li>Centrifuge the cells at 4000g for 5 mins, 4&#8451</li>
+
                 .css('-webkit-transform', 'translateZ(0)');
-
                    <li>Discard the supernatant</li>
+
             link.click(function() {
-
                    <li>Gently resuspend the pellet in 20ml ice cold Wash Buffer I</li>
+
                callbackClick(value);
-
                    <li>Put the samples on ice for 10 mins</li>
+
             });
-
                    <li>Centrifuge the cells at 4000g for 5 mins, 4&#8451</li>
+
             link.mouseenter(function() {
-
                    <li>Discard the supernatant</li>
+
                 callbackHover(value);
-
                    <li>Gently resuspend the pellet in 10ml ice cold Wash Buffer II</li>
+
            });
-
                    <li>Put the samples on ice for 10 mins</li>
+
-
                    <li>Centrifuge the cells at 4000g for 5 mins, 4&#8451</li>
+
-
                    <li>Discard the supernatant</li>
+
-
                    <li>Resuspend cells in 20ml ice cold Resuspend Buffer</li>
+
-
                    <li>Aliquot 200ul using sterile pre-chilled eppendorf tubes</li>
+
-
                </ol>
+
-
             </div>
+
-
            <h3 id="primer"><b>Primer Design</b>
+
-
             </h3>
+
-
            <div class="subgroup well">
+
-
                 Primers were designed manually using <a href="http://www.bioinformatics.org/sms2/pcr_primer_stats.html" target="_blank">PCR Primer Stats</a> of Sequence Manipulation Suite, for analyzing secondary structures and also annealing conditions.
+
-
             </div>
+
-
            <h3 id="pcr1"><b>PCR - Phusion DNA polymerase NEB</b>
+
-
             </h3>
+
-
             <div class="subgroup well">
+
-
                 <p>50ul reaction</p>
+
-
                <table class="table table-hover">
+
-
                    <thead>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <th>Reactives</th>
+
-
                            <th>Volume(μL)</th>
+
-
                        </tr>
+
-
                    </thead>
+
-
                    <tbody>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>DNA template</td>
+
-
                            <td>1</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>5x Phusion HF Buffer</td>
+
-
                            <td>10</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>10mM dNTPs</td>
+
-
                            <td>1.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>10uM Primer Fw</td>
+
-
                            <td>0.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>10uM Primer Rv</td>
+
-
                            <td>0.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>Phusion DNA polymerase</td>
+
-
                            <td>0.25-0.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>100% DMSO</td>
+
-
                            <td>1.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>dH2O</td>
+
-
                            <td>Up to 50</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td><b>Total</b>
+
-
                            </td>
+
-
                            <td><b>50</b>
+
-
                            </td>
+
-
                        </tr>
+
-
                    </tbody>
+
-
                </table>
+
-
                <p>Cycling condition:
+
            if (value['id'] != null) {
-
                    <br>Initial Denaturation (1 cycle):
+
                link = link.attr('id', value['id']);
-
                    <br>98°C 30 sec
+
             }
-
                    <br>
+
-
                    <br>Amplification (35 cycles):
+
-
                    <br>98°C 10 sec
+
-
                    <br>55-72 °C 30 sec
+
-
                    <br>72°C 0.25- 0.5 min/kb
+
-
                    <br>
+
-
                    <br>Final elongation (1 cycle)
+
-
                    <br>72°C 3 min</p>
+
-
             </div>
+
-
             <h3 id="pcr2"><b>PCR - LA Taq DNA polymerase Takara</b>
+
             if (value['background'] != null) {
-
            </h3>
+
                 link = link.css('background', value['background']);
-
            <div class="subgroup well">
+
            }
-
                 <p>50ul reaction</p>
+
-
                <table class="table table-hover">
+
-
                    <thead>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <th>Reactives</th>
+
-
                            <th>Volume(μL)</th>
+
-
                        </tr>
+
-
                    </thead>
+
-
                    <tbody>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>DNA template</td>
+
-
                            <td>1</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>10x LA taq Buffer</td>
+
-
                            <td>5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>10mM dNTPs</td>
+
-
                            <td>1.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>10uM Primer Fw</td>
+
-
                            <td>0.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>10uM Primer Rv</td>
+
-
                            <td>0.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>LA taq polymerase</td>
+
-
                            <td>0.25-0.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>100% DMSO</td>
+
-
                            <td>1.5</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>dH2O</td>
+
-
                            <td>Up to 50</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td><b>Total</b>
+
-
                            </td>
+
-
                            <td><b>50</b>
+
-
                            </td>
+
-
                        </tr>
+
-
                    </tbody>
+
-
                </table>
+
-
                <p>Cycling condition:
+
            if (value['link'] != null) {
-
                    <br>Initial Denaturation (1 cycle):
+
                link = link.attr('href', value['link']);
-
                    <br>94°C 1 min
+
             } else {
-
                    <br>
+
                link = link.attr('href', '#');
-
                    <br>Amplification (30 cycles):
+
             }
-
                    <br>98°C 10 sec
+
-
                    <br>55-72 °C 30 sec
+
-
                    <br>68°C 0.5- 1 min/kb
+
-
                    <br>
+
-
                    <br>Final elongation (1 cycle)
+
-
                    <br>72°C 5 min</p>
+
-
             </div>
+
-
            <h3>NEB Gibson assembly</h3>
+
-
            <div class="subgroup well">
+
-
                <p>We are using the Gibson Assembly® Master Mix of NEB Inc. according to the manufacturer directions.</p>
+
-
            </div>
+
-
             <br>
+
-
             <h3 id="DDD"><b>Double Digestion of DNA with 2 different restriction enzymes NEB</b>
+
             if (isAnimated) {
-
            </h3>
+
                link = link.offset(offsetChimney);
-
            <div class="subgroup well">
+
                 link.stop()
-
                 <p>30μl reaction</p>
+
                     .animate({
-
                <table class="table table-hover">
+
                         top: value['offset']['top']
-
                     <thead>
+
                     }, 1000, 'linear')
-
                        <tr>
+
                     .animate({
-
                            <th>Reactives</th>
+
                         left: value['offset']['left']
-
                            <th>Volume(μL)</th>
+
                     }, 1000, 'linear');
-
                         </tr>
+
            } else {
-
                     </thead>
+
                 link = link.offset(value['offset']);
-
                     <tbody>
+
            }
-
                         <tr>
+
-
                            <td>DNA</td>
+
-
                            <td>Up to 1 μg</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>CutSmart™ Buffer</td>
+
-
                            <td>3</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>EcoRI-HF®*</td>
+
-
                            <td>1</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>SpeI/PstI/XbaI*</td>
+
-
                            <td>1</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td>dH2O</td>
+
-
                            <td>Up to 30μL</td>
+
-
                        </tr>
+
-
                        <tr>
+
-
                            <td><b>Total</b>
+
-
                            </td>
+
-
                            <td><b>30</b>
+
-
                            </td>
+
-
                        </tr>
+
-
                     </tbody>
+
-
                </table>
+
-
                <p>Incubate at 37 °C incubator or heat bath for 0.25 to 2 hours.
+
-
                    <br>*For combinations of restriction enzymes other than the above, please kindly refer to Double Digest Finder from NEB Inc. for suitable buffer condition.</p>
+
-
                <br>
+
-
                 <h3 id="dna"><b>DNA ligation with T4 DNA ligase NEB</b>
+
-
                </h3>
+
-
                <div class="subgroup well">
+
-
                    <table class="table table-hover">
+
-
                        <thead>
+
-
                            <tr>
+
-
                                <th>Reactives</th>
+
-
                                <th>Volume(μL)</th>
+
-
                            </tr>
+
-
                        </thead>
+
-
                        <tbody>
+
-
                            <tr>
+
-
                                <td>T4 DNA ligase</td>
+
-
                                <td>1</td>
+
-
                            </tr>
+
-
                            <tr>
+
-
                                <td>Buffer 10X</td>
+
-
                                <td>2</td>
+
-
                            </tr>
+
-
                            <tr>
+
-
                                <td>Vector DNA</td>
+
-
                                <td>n pmol</td>
+
-
                            </tr>
+
-
                            <tr>
+
-
                                <td>Insert DNA</td>
+
-
                                <td>3n pmol</td>
+
-
                            </tr>
+
-
                            <tr>
+
-
                                <td>dH2O</td>
+
-
                                <td>Up to 20μL</td>
+
-
                            </tr>
+
-
                            <tr>
+
-
                                <td><b>Total</b>
+
-
                                </td>
+
-
                                <td><b>20</b>
+
-
                                </td>
+
-
                            </tr>
+
-
                        </tbody>
+
-
                    </table>
+
-
                    <p>Incubate at room temperature for 0.25 -1 hours.</p>
+
-
                </div>
+
-
        </section>
+
-
        <section id="notebook" class="group">
+
             wrapper.append(link);
-
             <h2><b>NOTEBOOK</b>
+
-
            </h2>
+
-
            <h3 id="june"><b>JUNE</b>
+
-
            </h3>
+
-
            <div class="subgroup well">
+
-
                <ol>
+
-
                    <li>Preparation of Competent Cells of dh5&#945 and BL21, aliquot the competent cells, stored in liquid nitrogen and then -80C refrigerator.</li>
+
-
                    <li>Transformation of: J23100-119 into dh5&#945</li>
+
-
                    <li>Preparation of special medium and plate for A. vinelandii</li>
+
-
                    <li>Make LB agar solution</li>
+
-
                    <br>
+
-
                    <li>Study the growth curve characteristics of A. vinelandii</li>
+
            if (value['id'] == defaultPage) {
-
                    <li>Study the natural antibiotics resistance of A. vinelandii</li>
+
                callbackHover(value);
-
                    <br>
+
                callbackClick(value);
-
                    <li>Make plate with antibiotics -Ampicillin, kanamycin and chloramphenicol.</li>
+
            }
-
                    <li>Preparation of Competent Cells of A. vinelandii</li>
+
        });
-
                    <li>Purchase for primers for the Carbon fixation system project.</li>
+
    });
-
                    <li>Primer dilution of the all carbon fixation system primers</li>
+
}
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of A. vinelandii nifB gene.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of A. vinelandii nifQ gene.</li>
+
-
                    <br>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of A. vinelandii FdxA gene.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of Aquifex aeolicus mbhS3 gene.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of Aquifex aeolicus mbhL3 gene.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of E. coli SH3PDZ domain gene.</li>
+
-
                </ol>
+
-
            </div>
+
-
            <h3><b>JULY</b>
+
function getQueryString(key) {
-
            </h3>
+
    var query = window.location.search.substring(1);
-
            <div class="subgroup well">
+
    var vars = query.split("&");
-
                <ol>
+
    for (var i = 0; i < vars.length; i++) {
-
                    <li>Make plate with 2% hard agar with antibiotics- chloramphenicol.</li>
+
        var pair = vars[i].split("=");
-
                    <li>Make plate with antibiotics -Ampicillin.</li>
+
        if (pair[0] == key) {
-
                    <li>Overlapping PCR of A. vinelandii nifB gene, A. vinelandii nifQ gene and A. vinelandii FdxA gene</li>
+
            return pair[1];
-
                    <li>Restriction of Overlapping PCR product A. vinelandii nifB-nifQ-FdA, ligase into double terminator plasmid and transform into dh5&#945.</li>
+
        }
-
                    <li>Overlapping PCR of Aquifex aeolicus mbhS3 gene and mbhL3 gene.</li>
+
    }
-
                    <li>Restriction of Overlapping PCR product Aquifex aeolicus mbhS3-L3, ligase into double terminator plasmid and transform into dh5&#945.</li>
+
    return null;
-
                    <li>Make LB agar solution</li>
+
}
-
                    <li>Restriction of PCR product E. coli SH3PDZ domain gene, ligase into C backbone and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Stable genome integration of J23100 into A. vinelandii and study its characteristics</li>
+
-
                    <li>Purchase for primers for the Nitrogen- repressible T7 expression system.</li>
+
-
                    <li>Arrival of synthetic sequences of A. vinelandii nitrogenase structural gene</li>
+
-
                    <li>Try Gibson assembly of synthetic sequences of A. vinelandii nitrogenase structural gene</li>
+
-
                </ol>
+
-
            </div>
+
 +
function getWindowWidth() {
 +
    if (document.documentElement) {
 +
        if (document.documentElement.clientWidth) {
 +
            return document.documentElement.clientWidth;
 +
        }
 +
    }
 +
    if (document.body) {
 +
        if(document.body.clientWidth) {
 +
            return document.body.clientWidth;   
 +
        }
 +
    }
 +
    return 0;
 +
}
-
            <h3><b>AUGUST</b>
+
$(document).ready(function() {
-
            </h3>
+
    var page = getQueryString('page');
-
            <div class="subgroup well">
+
-
                <ol>
+
-
                    <li>Arrival of synthetic sequences of A. vinelandii nitrogenase accessory gene.</li>
+
-
                    <li>Arrival of synthetic sequences of Aquifex aeolicus hydrogenase accessory gene.</li>
+
-
                    <li>Arrival of all primers for the Nitrogen- repressible T7 expression system</li>
+
-
                    <li>Primer dilution of the all Nitrogen- repressible T7 expression system primers</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of A. vinelandii nifH gene.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of A. vinelandii nifK gene</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of A. vinelandii nifH gene with strong rbs.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of A. vinelandii nifH gene with weak rbs.</li>
+
-
                    <li>Transformation of T7 RNA polymerase and T7 promoter into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using PCR, following by run gel of BL21 T7 RNA polymerase.</li>
+
-
                    <li>Overlapping PCR of A. vinelandii nifH gene with strong rbs and BL21 T7 RNA polymerase.</li>
+
-
                    <li>Overlapping PCR of A. vinelandii nifH gene with weak rbs and BL21 T7 RNA polymerase.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using oligo PCR, following by run gel of random sequence</li>
+
-
                    <li>Transformation of ptet- mRFP-d.t. and mRFP-d.t. into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Amplification by using oligo PCR, following by run gel of part of mRFP</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product random sequence, ligase into ptet- mRFP-d.t. plasmid and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Transformation of amilcp-d.t. into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product nifH, ligase into mRFP-d.t. plasmid and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                </ol>
+
-
            </div>
+
 +
    makelink(wikiContent, $('#train-link'), page, false, function(value) {
 +
        if (value['loadedContent'] != null)
 +
            $('#wiki-content').html(value['loadedContent']);
 +
    }, function(value) {
 +
        if (value['subtopic'] != null) {
 +
            makelink(value['subtopic'], $('#train-sublink'), true, function(subValue) {
 +
                if (value['loadedContent'] != null) {
 +
                    $('#wiki-content').html(value['loadedContent']);
 +
                    location.hash = subValue['link'];
 +
                }
 +
            }, function(value) {
-
             <h3><b>September</b>
+
             });
-
            </h3>
+
        }
-
            <div class="subgroup well">
+
    });
-
                <ol>
+
-
                    <li>Try Gibson Assembly of synthetic sequences of A. vinelandii nitrogenase accessory gene.</li>
+
-
                    <li>Try Gibson Assembly of synthetic sequences of Aquifex aeolicus hydrogenase accessory gene.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product A. vinelandii nifH gene with strong rbs and BL21 T7 RNA polymerase, ligase into double terminator plasmid and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product A. vinelandii nifH gene with weak rbs and BL21 T7 RNA polymerase, ligase into double terminator plasmid and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of biobrick A. vinelandii nifH gene with strong rbs and BL21 T7 RNA polymerase-double terminator ligase into random sequence with ptet-mRFP-d.t. and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of biobrick A. vinelandii nifH gene with weak rbs and BL21 T7 RNA polymerase-double terminator ligase into random sequence with ptet-mRFP-d.t. and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product A. vinelandii nifK gene,ligase into biobrick A. vinelandii nifH gene with strong rbs and BL21 T7 RNA polymerase-double terminator and random sequence with ptet-mRFP-d.t. and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product A. vinelandii nifK gene,ligase into biobrick A. vinelandii nifH gene with weak rbs and BL21 T7 RNA polymerase-double terminator and random sequence with ptet-mRFP-d.t. and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product A. vinelandii nifK gene, ligase into C back bone and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product A. vinelandii nifH gene, ligase into C back bone and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product part of mRFP, ligase into C back bone and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of BBa_K1314013, ligase into A backbone and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of BBa_K1314014, ligase into A backbone and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product part of mRFP, ligase into amilcp- d.t. and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of PCR product, random sequence, ligase into T7 promoter and transform into dh5 &#945.</li>
+
-
                    <li>Restriction of biobrick random sequence- T7 promoter, ligase into C backbone and transform into dh5&#945</li>
+
-
                    <li>Restriction of biobrick random sequence- T7 promoter, ligase into amilcp- d.t.-part of mRFP, and transform into dh5&#945.</li>
+
-
                    <li>Send all biobricks to sequencing</li>
+
-
                    <li>Transformation of BBa_K1314011 into BL21.</li>
+
-
                    <li>Stable genome integration of BBa_K1314013 into A. vinelandii</li>
+
-
                    <li>Stable genome integration of BBa_K1314014 into A. vinelandii</li>
+
-
                    <li>Stable genome integration of BBa_K1314011 into A. vinelandii</li>
+
-
                    <li>Blunt end ligation and transformation to make BBa_K1314015</li>
+
-
                </ol>
+
-
            </div>
+
 +
    $("#traffic-light").hide();
 +
    $(window).scroll(function(e) {
 +
        var scrollTop = $(window).scrollTop();
 +
        if (scrollTop > 0) {
 +
            $("#traffic-light").show();
 +
        } else {
 +
            $("#traffic-light").hide();
 +
        }
-
             <h3><b>October</b>
+
        $('.content-wrapper').css({
-
             </h3>
+
             'left': Math.min($(this).scrollLeft(), $('.navbar').width() - getWindowWidth())
-
            <div class="subgroup well">1. Submission of all biobricks to the registry</div>
+
        });
-
        </section>
+
        e.preventDefault();
 +
    });
 +
});
 +
</script>
 +
 
 +
<body>
 +
    <div id="widthWrapper">
 +
        <div class="container-fluid">
 +
             <div class="navbar" style="background-image: url('https://static.igem.org/mediawiki/2014/f/f0/Menu-bg.jpg') ">
 +
                <div class="container">
 +
                    <div class="navbar-header">
 +
                        <a class="navbar-brand" herf="https://2014.igem.org/">
 +
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2014/3/30/Igemlogocuhk.png" height="50px" align="right">
 +
                        </a>
 +
                        <br>
 +
                        <a class="navbar-brand" href="https://2014.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK">
 +
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2014/thumb/4/49/CUHKwikiLogo.png/600px-CUHKwikiLogo.png" height="130">
 +
                        </a>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                    <div class="col-xs-10">
 +
                        <div class="row">
 +
                            <div id="train">
 +
                                <div id="train-link"></div>
 +
                                <div id="train-sublink"></div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
                <div id="navbar-separator" style="background-color: #ffffff;"></div>
 +
            </div>
         </div>
         </div>
 +
    </div>
 +
    <div id="traffic-light">
 +
        <a href="#">&nbsp;</a>
 +
    </div>
 +
    <div class="container-fluid content-wrapper">
 +
        <div class="row">
 +
            <div id="wiki-content"></div>
 +
        </div>
 +
    </div>
 +
</body>
-
        <script type="text/javascript">
+
</html>
-
        $(document).ready(function() {
+
-
            $('body').scrollspy({
+
-
                target: '.bs-docs-sidebar',
+
-
                offset: 100
+
-
            });
+
-
        });
+
-
        $(window).scroll(function(e) {
+
-
            var scrollTop = $(window).scrollTop();
+
-
            if (scrollTop > 250) {
+
-
                $('#sidebar').addClass('fixed').offset({
+
-
                    top: scrollTop
+
-
                });
+
-
            } else {
+
-
                $('#sidebar').removeClass('fixed');
+
-
            }
+
-
        });
+
-
        </script>
+

Revision as of 23:59, 17 October 2014

 

Retrieved from "http://2014.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK/home.html"