Team:Aix-Marseille/Notebook relA

From 2014.igem.org

(Difference between revisions)
(Blanked the page)
 
(One intermediate revision not shown)
Line 1: Line 1:
-
{{Team:Aix-Marseille/header}}
 
-
<html>
 
-
  <script>
 
-
  // Function to handle the movement of the sidebar in the Notebook
 
-
      $(document).ready(function () { 
 
-
          var sidebar = $('#sidebar-notebook');
 
-
          var sidebarContainer = $('#sidebar-notebook-div');
 
-
          $(window).scroll(function (event) {
 
-
              var ypos = $(this).scrollTop();
 
-
              var scrollTop = $(window).scrollTop(),
 
-
                              elementOffset = sidebar.offset().top,
 
-
                              distance = (elementOffset - scrollTop);
 
-
 
-
              var collision_top = sidebar.overlaps($('#stop_top'));
 
-
              var collision_bot = sidebar.overlaps($('#stop_bot'));
 
-
 
-
              if (collision_top.hits.length) {  /* Collision TOP */
 
-
                // To fix at the top of the .row div 
 
-
                  sidebar.css({  top: '',
 
-
                                  bottom: '',
 
-
                                  position: '',
 
-
                                  width: ''
 
-
                              });
 
-
                  sidebarContainer.css({  position:'',
 
-
                                          bottom: '',
 
-
                                          right: ''
 
-
                                      });
 
-
                  if (distance < 141) {
 
-
                    // To fix at the top of the page while scrolling
 
-
                      sidebar.css({  top: '141px',
 
-
                                      bottom: '',
 
-
                                      position: 'fixed',
 
-
                                      width: '262.5px'
 
-
                                  });
 
-
                      sidebarContainer.css({  position: '',
 
-
                                              bottom: '',
 
-
                                              right: ''
 
-
                                          });
 
-
                  }
 
-
              }
 
-
              else if (collision_bot.hits.length) {  /* Collision BOTTOM */
 
-
                // To fix at the bottom of the .row div
 
-
                  sidebar.css({  bottom: '',
 
-
                                  top: '',
 
-
                                  position: '',
 
-
                                  width: ''
 
-
                              });
 
-
                  sidebarContainer.css({  position: 'absolute',
 
-
                                          bottom: '0px',
 
-
                                        right: '0px'
 
-
                                      });
 
-
                  if (distance > 141) {
 
-
                    // To fix at the top of the page while scrolling
 
-
                      sidebar.css({  top: '141px',
 
-
                                      bottom: '',
 
-
                                      position: 'fixed',
 
-
                                      width: '262.5px'
 
-
                                  });
 
-
                      sidebarContainer.css({  position: '',
 
-
                                              bottom: '',
 
-
                                              right: ''
 
-
                                          });
 
-
                  }
 
-
              }
 
-
              else {
 
-
                // To fix at the top of the page while scrolling
 
-
                  sidebar.css({  top: '141px',
 
-
                                  bottom: '',
 
-
                                  position: 'fixed',
 
-
                                  width: '262.5px'
 
-
                              });
 
-
                  sidebarContainer.css({  position: '',
 
-
                                          bottom: '',
 
-
                                          right: ''
 
-
                                      });
 
-
              }
 
-
          });
 
-
      });
 
-
  </script>
 
-
 
-
 
-
 
-
  <div class="container">
 
-
    <h1>Notebook: RelA</h1>
 
-
    <br><br>
 
-
    <div id="stop_top"></div>
 
-
    <div class="row" style="position:relative;" id="notebook-row">
 
-
      <div class="col-md-9" id="notes"><!-- NOTES -->
 
-
 
-
                  <!-- ======= WEEK 13 ======= -->
 
-
        <div class="panel panel-info notes-panel">
 
-
          <span class="note-tag" id="week13"></span>
 
-
          <div class="panel-heading">
 
-
            <h3 class="panel-title">Week 13 : 09/22/2014 &#10145; 09/28/2014 <div class="pull-right"></div></h3>
 
-
          </div>
 
-
          <div class="panel-body">
 
-
            <b>Attribution:</b> Emmanuelle Bouveret<br>
 
-
            <b>Objective:</b> Test the functionality of our RelA part.<br>
 
-
            <p>The pSB1K3-relA plasmid constructed by the iGEM-AMU team is expected to be able to rescue the phenotype of a MG1655∆relA mutant grown on SMG plates, a medium known to induce a strong amino acid depletion in the cells (Rudd et al.,1985) that is toxic to a ∆relA mutant.</p>
 
-
            <br><br>
 
-
            <ul>
 
-
              <li>
 
-
                <u>Day 1:</u><br>
 
-
                <p>Isolated clones were restreaked on SMG plates supplemented with 50 uM Kanamycin and 0.5mM IPTG. The plates were incubated at 37°C during 48 hrs.</p>
 
-
              </li>
 
-
              <li>
 
-
                <u>Day 2:</u><br>
 
-
                <p>Electrocompetent MG1655∆<i>relA</i> (EB421 strain, Wahl <i>et al</i>. 2011) cells were electroporated with either plasmid pSB1K3-RFP as a control or pSB1K3-<i>relA</i>.</p>
 
-
              </li>
 
-
              <li>
 
-
                <u>Day 4:</u><br>
 
-
                <p>As expected, we observed that the relA construct was able to complement the MG1655∆relA strain, as seen on the following figure.</p>
 
-
                <div class="media notes-media">
 
-
                  <img class="media-object img-rounded pull-right" src="https://static.igem.org/mediawiki/2014/6/63/AMU_Team-RelA_part.png" style="width:350px">
 
-
                </div>
 
-
              </li>
 
-
              <li>
 
-
                <p><u>SMG plate composition:</u></p>
 
-
                <table class="table table-hover table-bordered notes-table">
 
-
                  <tbody>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>M9 salts</td> <td>1X</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>MgSO<sub>4</sub></td> <td>1mM</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>CaCl<sub>2</sub></td> <td>0.1mM</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>VitB1</td> <td>0.5µg/ml</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>Glucose</td> <td>0.2%</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>Serine</td> <td>1mM</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>Methionine</td> <td>1mM</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>Glycine</td> <td>1mM</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                    <tr>
 
-
                      <td>Bactoagar</td> <td>15g/L</td>
 
-
                    </tr>
 
-
                  </tbody>
 
-
                </table>
 
-
                <p><u>References:</u></p>
 
-
                <ul>
 
-
                  <li>Rudd KE, Bochner BR, Cashel M, Roth JR. Mutations in the spoT gene of Salmonella typhimurium: effects on his operon expression. <i>J Bacteriol</i>. ;163(2):534-42, 1985.</li>
 
-
                  <li>Wahl A, My L, Dumoulin R, Sturgis JN, Bouveret E.Antagonistic regulation of dgkA and plsB genes of phospholipid synthesis by multiple stress responses in <i>Escherichia coli. Mol Microbiol</i>. 80(5):1260-75, 2011.</li>
 
-
                </ul>
 
-
              </li>
 
-
            </ul>
 
-
          </div>
 
-
        </div>
 
-
 
-
      </div><!-- /NOTES -->
 
-
 
-
                                                        <!-- SIDEBAR -->
 
-
      <div class="col-md-3" id="sidebar-notebook-div">
 
-
        <div class="list-group" id="sidebar-notebook">
 
-
 
-
        </div>
 
-
      </div>
 
-
    </div>
 
-
    <div id="stop_bot"></div>
 
-
  </div>
 
-
</html>
 
-
 
-
{{Team:Aix-Marseille/footer}}
 

Latest revision as of 22:04, 13 October 2014